Debrecen là ngày 12 tháng 3 năm 1902 với tư cách là Câu lạc bộ thể thao Debreceni Vasutas. Câu lạc bộ lần đầu tiên lên chơi ở Nemzeti Bajnokság I trong mùa giải 1943-44. Debrecen đã trở nên nổi tiếng trong nước vào đầu những năm 2000 khi họ giành được chức vô địch giải đấu Hungary đầu tiên trong mùa giải 2004-05. Kể từ đó, câu lạc bộ đã giành được bảy danh hiệu trong thập niên 2010. Tuy nhiên, vào cuối thập niên, câu lạc bộ đã mất sự hỗ trợ của chính phủ và bắt đầu suy thoái. Trong Nemzeti Bajnokság I 2016-17, đội bóng may mắn thoát khỏi xuống hạng.

Ở cấp độ quốc tế, Debrecen đạt được thành công lớn nhất khi lọt vào vòng bảng UEFA Champions League 2009-10. Năm tiếp theo lọt vào vòng bảng của vòng bảng UEFA Europa League 2010-11.